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Autologer Knochen ist autogenes Material, d.h., es kommt vom eigenen Körper. Transplantierter autogener Knochen heilt als wachsender Knochen aufgrund von allen drei Vorgängen der Knochenbildung (Osteogenese, Osteoinduktion, Osteokonduktion) ein. Die Areale, an denen autologer Knochen gewonnen werden kann sind extraorale Gebiete wie Beckenkamm, Calvaria oder das Tibiaplateau und intraorale Gebiete, wie die Symphyse des Unterkiefers, das Tuber maxillae der Ramus mandibulae, Crista zygomaticoalveolaris oder intraorale Exostosen. Das Transplantat kann als Block gewonnen und transplantiert oder anschließend mit der Knochenmühle partikuliert werden. Weitere Möglichkeiten sind die Nutzung von anfallenden Bohrspänen oder die Entnahme von Knochenchips mit einem Knochenschaber (z. B. entlang der Linea obliqua der Mandibula).